Um die Ordnergrößen auf dem Webserver zu ermitteln, kann man sich via SSH einloggen und folgende Informationen mit den kurzen Befehlen ausgeben:

Einzelne Ordner (h = human readable):
du -sh

Sämtliche Unterordner bis zu einer maximalen Tiefe von N, absteigend sortiert. Optimaler Weise gibt man diese Information gleich als Textdatei aus.
du -k --max-depth=3 | sort -nr | more > dirsize-subdirec.txt

In diesem Beispiel haben wir eine Ordnertiefe von 3 Ordnern, sortiert nach der Ordnergröße, die in der Datei dirsize-subdirec.txt gespeichert werden. Diese Datei kann man sich dann via SFTP auf den Rechner laden und hat eine schöne Übersicht, die man in einem Tabellenkalkulationsprogramm bearbeiten / filtern / sortieren kann.