Für einen Kunden sollte die Hauptnavigation immer oben stehen und die Unternavigation in einer andere Box dargestellt werden.
Das war die Lösung:
Top-/Hauptnavigation:

<?php wp_list_pages("title_li=&sort_column=menu_order&depth=1") ; ?>

Unternavigation

<?php
if(!$post->post_parent){
    // will display the subpages of this top level page
    $children = wp_list_pages("title_li=&child_of=".$post->ID."&echo=0");
}else{
    // diplays only the subpages of parent level
    //$children = wp_list_pages("title_li=&child_of=".$post->post_parent."&echo=0");
    
    if($post->ancestors)
    {
        // now you can get the the top ID of this page
        // wp is putting the ids DESC, thats why the top level ID is the last one
        $ancestors = end($post->ancestors);
        $children = wp_list_pages("title_li=&child_of=".$ancestors."&echo=0");
        // you will always get the whole subpages list
    }
}

if ($children) { ?>
    <ul>
        <?php echo $children; ?>
    </ul>
<?php } ?>

Quelle: http://codex.wordpress.org/Template_Tags/wp_list_pages